El panel de control donde conecto/desconecto la alarma lo tengo dentro de mi negocio, cuando voy a cerrar la tienda y conectar la alarma lo hago con la puerta cerrada, y mientras suena la cuenta atrás abro la puerta para salir y la vuelvo a cerrar. ¿De este modo está bien hecho para que el sensor de la puerta se active al terminar la cuenta atrás, o al abrirla mientras está la cuenta atrás el sensor de la puerta se desactiva?

Si, es la forma adecuada de conectar el sistema de alarma.